MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Clostridium botulinum F str. 230613 plasmid pCBF

Total Repeats: 392

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017298	A	6	6	92	97	100 %	0 %	0 %	0 %	384463963
2	NC_017298	GA	3	6	120	125	50 %	0 %	50 %	0 %	384463963
3	NC_017298	TGG	3	9	138	146	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463963
4	NC_017298	GCT	2	6	181	186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384463963
5	NC_017298	GGT	2	6	187	192	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463963
6	NC_017298	TGG	2	6	201	206	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463963
7	NC_017298	ATG	2	6	215	220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463963
8	NC_017298	A	7	7	228	234	100 %	0 %	0 %	0 %	384463963
9	NC_017298	TGG	2	6	309	314	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463964
10	NC_017298	GGT	2	6	319	324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463964
11	NC_017298	GCT	2	6	349	354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384463964
12	NC_017298	TGG	2	6	366	371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463964
13	NC_017298	TGT	2	6	372	377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384463964
14	NC_017298	AGC	2	6	391	396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384463964
15	NC_017298	TGG	2	6	408	413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463964
16	NC_017298	TGG	2	6	420	425	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463964
17	NC_017298	ATG	2	6	451	456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463964
18	NC_017298	TA	3	6	545	550	50 %	50 %	0 %	0 %	384463965
19	NC_017298	TCT	2	6	590	595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463965
20	NC_017298	CTA	2	6	619	624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384463965
21	NC_017298	T	7	7	655	661	0 %	100 %	0 %	0 %	384463965
22	NC_017298	ATT	2	6	668	673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463965
23	NC_017298	ATTT	2	8	679	686	25 %	75 %	0 %	0 %	384463965
24	NC_017298	A	8	8	689	696	100 %	0 %	0 %	0 %	384463965
25	NC_017298	CTAT	2	8	756	763	25 %	50 %	0 %	25 %	384463965
26	NC_017298	TTA	2	6	784	789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463965
27	NC_017298	TATTCA	2	12	1163	1174	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384463966
28	NC_017298	CAA	2	6	1210	1215	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384463966
29	NC_017298	CT	3	6	1224	1229	0 %	50 %	0 %	50 %	384463966
30	NC_017298	CT	3	6	1247	1252	0 %	50 %	0 %	50 %	384463966
31	NC_017298	TTGT	2	8	1283	1290	0 %	75 %	25 %	0 %	384463966
32	NC_017298	AT	3	6	1291	1296	50 %	50 %	0 %	0 %	384463966
33	NC_017298	CAC	2	6	1312	1317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384463966
34	NC_017298	AC	3	6	1343	1348	50 %	0 %	0 %	50 %	384463966
35	NC_017298	A	6	6	1550	1555	100 %	0 %	0 %	0 %	384463967
36	NC_017298	AGA	2	6	1572	1577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384463967
37	NC_017298	TGG	2	6	1584	1589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463967
38	NC_017298	TATAA	2	10	1675	1684	60 %	40 %	0 %	0 %	384463967
39	NC_017298	TAAT	2	8	1695	1702	50 %	50 %	0 %	0 %	384463967
40	NC_017298	TTA	2	6	1736	1741	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463968
41	NC_017298	TGA	2	6	1747	1752	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463968
42	NC_017298	TTA	2	6	1760	1765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463968
43	NC_017298	GTG	2	6	1806	1811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384463968
44	NC_017298	TGC	2	6	1819	1824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384463968
45	NC_017298	GTT	3	9	1841	1849	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384463968
46	NC_017298	ACA	2	6	1856	1861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384463968
47	NC_017298	ATA	2	6	1894	1899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463968
48	NC_017298	TAT	2	6	1979	1984	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463969
49	NC_017298	TA	4	8	1986	1993	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
50	NC_017298	TA	4	8	2004	2011	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
51	NC_017298	AAT	2	6	2031	2036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463969
52	NC_017298	TAA	3	9	2088	2096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463969
53	NC_017298	CAC	2	6	2105	2110	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384463969
54	NC_017298	TA	3	6	2139	2144	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
55	NC_017298	ATA	2	6	2191	2196	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463969
56	NC_017298	T	7	7	2218	2224	0 %	100 %	0 %	0 %	384463969
57	NC_017298	ATAA	2	8	2243	2250	75 %	25 %	0 %	0 %	384463969
58	NC_017298	A	7	7	2266	2272	100 %	0 %	0 %	0 %	384463969
59	NC_017298	TA	3	6	2291	2296	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
60	NC_017298	TAT	2	6	2300	2305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463969
61	NC_017298	AT	3	6	2304	2309	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
62	NC_017298	TCA	2	6	2323	2328	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384463969
63	NC_017298	TTC	2	6	2343	2348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463969
64	NC_017298	TAT	2	6	2369	2374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463969
65	NC_017298	TAAT	2	8	2381	2388	50 %	50 %	0 %	0 %	384463969
66	NC_017298	AAAT	2	8	2396	2403	75 %	25 %	0 %	0 %	384463970
67	NC_017298	TTA	2	6	2415	2420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463970
68	NC_017298	A	6	6	2969	2974	100 %	0 %	0 %	0 %	384463971
69	NC_017298	A	7	7	3072	3078	100 %	0 %	0 %	0 %	384463971
70	NC_017298	AT	3	6	3096	3101	50 %	50 %	0 %	0 %	384463971
71	NC_017298	ATTAA	2	10	3129	3138	60 %	40 %	0 %	0 %	384463971
72	NC_017298	AT	3	6	3185	3190	50 %	50 %	0 %	0 %	384463971
73	NC_017298	ATGA	2	8	3195	3202	50 %	25 %	25 %	0 %	384463971
74	NC_017298	ACA	2	6	3248	3253	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384463971
75	NC_017298	AT	3	6	3262	3267	50 %	50 %	0 %	0 %	384463971
76	NC_017298	GCT	2	6	3276	3281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384463971
77	NC_017298	GGCT	2	8	3353	3360	0 %	25 %	50 %	25 %	384463971
78	NC_017298	GAT	2	6	3438	3443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463971
79	NC_017298	ATTA	2	8	3475	3482	50 %	50 %	0 %	0 %	384463971
80	NC_017298	TAG	2	6	4008	4013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463972
81	NC_017298	ATAAA	2	10	4071	4080	80 %	20 %	0 %	0 %	384463972
82	NC_017298	A	6	6	4530	4535	100 %	0 %	0 %	0 %	384463973
83	NC_017298	T	8	8	4561	4568	0 %	100 %	0 %	0 %	384463973
84	NC_017298	TTG	2	6	4597	4602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384463973
85	NC_017298	TA	4	8	4607	4614	50 %	50 %	0 %	0 %	384463973
86	NC_017298	AT	3	6	4632	4637	50 %	50 %	0 %	0 %	384463973
87	NC_017298	CAA	2	6	4662	4667	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384463973
88	NC_017298	ATG	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384463973
89	NC_017298	TA	3	6	4686	4691	50 %	50 %	0 %	0 %	384463973
90	NC_017298	CT	4	8	4699	4706	0 %	50 %	0 %	50 %	384463973
91	NC_017298	TAT	2	6	4721	4726	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463973
92	NC_017298	TTAT	3	12	4723	4734	25 %	75 %	0 %	0 %	384463973
93	NC_017298	A	6	6	4742	4747	100 %	0 %	0 %	0 %	384463973
94	NC_017298	A	7	7	4782	4788	100 %	0 %	0 %	0 %	384463973
95	NC_017298	CA	3	6	4798	4803	50 %	0 %	0 %	50 %	384463973
96	NC_017298	TGT	2	6	4939	4944	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384463973
97	NC_017298	GAA	2	6	4971	4976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384463973
98	NC_017298	ATA	2	6	5025	5030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463973
99	NC_017298	TTC	2	6	5080	5085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463973
100	NC_017298	AAT	2	6	5111	5116	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463973
101	NC_017298	AT	3	6	5158	5163	50 %	50 %	0 %	0 %	384463973
102	NC_017298	ATATA	2	10	5170	5179	60 %	40 %	0 %	0 %	384463973
103	NC_017298	TTTG	2	8	5183	5190	0 %	75 %	25 %	0 %	384463973
104	NC_017298	TTA	2	6	5196	5201	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463973
105	NC_017298	A	6	6	5225	5230	100 %	0 %	0 %	0 %	384463973
106	NC_017298	TA	4	8	5242	5249	50 %	50 %	0 %	0 %	384463973
107	NC_017298	A	6	6	5295	5300	100 %	0 %	0 %	0 %	384463973
108	NC_017298	T	7	7	5601	5607	0 %	100 %	0 %	0 %	384463974
109	NC_017298	TAA	2	6	5621	5626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463974
110	NC_017298	ATT	2	6	5669	5674	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
111	NC_017298	ATCT	2	8	5677	5684	25 %	50 %	0 %	25 %	384463974
112	NC_017298	CAA	2	6	5737	5742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384463974
113	NC_017298	ATT	2	6	5753	5758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
114	NC_017298	CTTT	2	8	5760	5767	0 %	75 %	0 %	25 %	384463974
115	NC_017298	CTATA	2	10	5770	5779	40 %	40 %	0 %	20 %	384463974
116	NC_017298	TTA	2	6	5788	5793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
117	NC_017298	TTC	2	6	5849	5854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463974
118	NC_017298	ATTTC	2	10	5916	5925	20 %	60 %	0 %	20 %	384463974
119	NC_017298	TA	3	6	5951	5956	50 %	50 %	0 %	0 %	384463974
120	NC_017298	CTTT	2	8	5982	5989	0 %	75 %	0 %	25 %	384463974
121	NC_017298	CTT	2	6	5992	5997	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463974
122	NC_017298	AATA	2	8	6005	6012	75 %	25 %	0 %	0 %	384463974
123	NC_017298	TGTATT	2	12	6017	6028	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	384463974
124	NC_017298	TAA	2	6	6049	6054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384463974
125	NC_017298	T	9	9	6090	6098	0 %	100 %	0 %	0 %	384463974
126	NC_017298	CTT	2	6	6111	6116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384463974
127	NC_017298	TTA	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
128	NC_017298	T	6	6	6148	6153	0 %	100 %	0 %	0 %	384463974
129	NC_017298	TAAA	2	8	6248	6255	75 %	25 %	0 %	0 %	384463974
130	NC_017298	TTAT	2	8	6270	6277	25 %	75 %	0 %	0 %	384463974
131	NC_017298	T	6	6	6296	6301	0 %	100 %	0 %	0 %	384463974
132	NC_017298	CTA	2	6	6417	6422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384463974
133	NC_017298	TTA	2	6	6442	6447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
134	NC_017298	ATC	2	6	6485	6490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384463974
135	NC_017298	T	7	7	6491	6497	0 %	100 %	0 %	0 %	384463974
136	NC_017298	TAAT	2	8	6517	6524	50 %	50 %	0 %	0 %	384463974
137	NC_017298	AGG	2	6	6550	6555	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	384463974
138	NC_017298	AATT	2	8	6560	6567	50 %	50 %	0 %	0 %	384463974
139	NC_017298	AT	3	6	6578	6583	50 %	50 %	0 %	0 %	384463974
140	NC_017298	ATT	2	6	6587	6592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384463974
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269	NC_017298	AATTT	2	10	12225	12234	40 %	60 %	0 %	0 %	384463984
270	NC_017298	ATTT	2	8	12366	12373	25 %	75 %	0 %	0 %	384463984
271	NC_017298	T	7	7	12376	12382	0 %	100 %	0 %	0 %	384463984
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.